Początki obecnej Biblioteki sięgają 1918 r., w którym powstał Zakład Geograficzny Uniwersytetu Warszawskiego z siedzibą w gmachu porektorskim UW. Odziedziczył on po Gabinecie Geografii Fizycznej byłego Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego niewielki księgozbiór liczący ok. 2000 pozycji. Były to głównie broszury o treści geograficznej, czasopisma i mapy. Niewielka Biblioteka powiększała swoje zbiory dzięki darowiznom instytucji naukowych i oświatowych. W latach 1925-35 odnotowano ponad 50 ofiarodawców, wśród których był prof. Stanisław Lencewicz. Prowadzono również wymianę za publikację „Prace wykonane w Zakładzie Geograficznym Uniwersytetu Warszawskiego„. Pierwszymi stałymi pracownikami Biblioteki były Jadwiga Jędrzejowska (1926-27) i dr Jadwiga Kaczorowska (1929-31).
W roku 1939 Biblioteka liczyła 6618 wol. książek i czasopism oraz 8276 ark. map i 50 atlasów. Zbiory te ocalały ze zniszczeń wojennych, ale zostały przejęte przez okupacyjne władze niemieckie. Cenniejszą część księgozbioru zdołano ukryć w prywatnych mieszkaniach pracowników Zakładu Geograficznego UW. Zimą 1942 r. zbiory biblioteczne zostały zabrane przez Institut für die Deutsche Ostarbeit do Pałacu Potockich, skąd pod koniec wojny były przewiezione do Poznania. Ze zniszczeń wojennych ocalała niewielka liczba wydawnictw wcześniej ukrytych oraz te, które w nieznany sposób trafiły do innych bibliotek.
W 1945 r. dr Jerzy Kondracki uzyskał dla nowo utworzonego Zakładu Geograficznego lokal przy ul. Wilczej 22. W nowej siedzibie zaczęto organizować Bibliotekę, do której częściowo powróciły rozproszone przez wojnę zbiory. Biblioteka Jagiellońska darowała komplet niemieckich wydań mapy Polski oraz wiele map Węgier i Słowacji. Od 1947 r. Zakład Geograficzny mieścił się przy ul. Pasteura 1, a we wrześniu 1950 r. został przeniesiony do częściowo odbudowanego ze zniszczeń wojennych Pałacu Uruskich-Czetwertyńskich przy Krakowskim Przedmieściu 30. Zarządzeniem Ministra Szkolnictwa Wyższego z dn. 15.05.1952 r. połączono Zakład Geograficzny i Zakład Antropogeografii w Instytut Geograficzny UW. Zbiory biblioteczne znacznie wzbogacił Zakład Antropogeografii wnosząc ok. 3000 wol. książek i czasopism oraz ok. 200 ark. map. W nowej siedzibie Instytutu Geografii znalazły lokum: Polskie Towarzystwo Geograficzne, a od 1953 r. Instytut Geografii PAN wraz z biblioteką. Obydwie biblioteki geograficzne współpracowały w zakresie gromadzenia, przechowywania i udostępniania zbiorów. Współpraca trwała do 1997 r., kiedy to Biblioteka IGiPZ PAN zyskała nową siedzibę.
Z chwilą utworzenia Wydziału Geografii w 1977 r. powstałego z Instytutu Geograficznego i Studium Afrykanistycznego UW zaczęły funkcjonować dwie biblioteki: ogólnogeograficzna na Krakowskim Przedmieściu 30 i biblioteka poświęcona krajom rozwijającym się przy Instytucie IKR (na ul. Żwirki i Wigury). Na początku lat 90-tych obie biblioteki zostały połączone i wspólnie z biblioteką IGiPZ PAN funkcjonowały do 1997 r. (z siedzibami na Krakowskim Przedmieściu 30 i Karowej 20).
Od 2001 r. na podstawie porozumienia zawartego z Biblioteką Uniwersytetu Warszawskiego biblioteka WGSR uczestniczy przy budowie centralnego katalogu zbiorów bibliotecznych UW. Przeszkoleni zostali pracownicy do pracy w systemie VTLS. Rozpoczęto przekazywanie opisów bibliograficznych do Katalogu Bibliotek UW (on-line).
W 2009 r. księgozbiór poświęcony Krajom Rozwijającym się został przeniesiony z ulicy Karowej na Krakowskie Przedmieście.
W 2012 r. biblioteka uruchomiła moduł udostępniania w systemie VTLS a w lutym 2013 r. przystąpiła do SWM (System Wypożyczeń Międzywydziałowych).